黑龙江水利专科学校并入黑龙江大学

石油大学正式更名为中国石油大学

由西南师范大学、西南农业大学合并组建而成的西南大学

上海交通大学、上海第二医科大学合并为新上海交通大学

河南财经学院、河南省政法管理干部学院即将合并组建河南财经政法大学

山东建工学院经投票通过更名为山东建筑大学

国家教育部同意株洲工学院更名为湖南工业大学

中南林学院更名为中南林业科技大学

湖南中医学院升格 改名为湖南中医药大学

2006年2月本科院校筹划合并统计：

1 成都教育学院并入成都学院
2 河北职业技术学院并入廊坊师范学院
3 河南财经学院与河南政法管理干部学院合并组建河南财经政法大学
4 上饶师院、江西医学院上饶分院、上饶卫校筹建上饶学院
5 四平职业大学并入吉林师范大学
6 昌吉学院、乌鲁木齐职业大学、成人教育学院将合并组建乌鲁木齐大学（学院）
7 长春税务学院与长春金融高等专科学校申请合并组建吉林财经大学
8 湖北汽车工业学院，郧阳医学院，郧阳师院，十堰大学即将合并为湖北理工大学
9 景德镇陶瓷学院与江西工艺美术职业技术学院合并组建中国陶瓷大学
10 四川生殖卫生学院即将并入成都中医药大学
11 四川省卫生管理干部学院将并入成都中医药大学或成都医学院
12 雁北师范学院、大同医学高等专科学校、大同职业技术学院、山西工业职业技术学院合并组建大同大学
13 中国协和医科大学即将并入清华大学
14 中国医科大学、沈阳药科大学与沈阳农业大学即将并入东北大学
15 重庆医科大学并入重庆大学